Die Wasserrahmenrichtlinie wird in Schleswig-Holstein in drei regionalen Teilprojekten umgesetzt, denn die Landesfläche Schleswig-Holsteins liegt in drei Flussgebietseinheiten, für die jeweils eigene Bestandsaufnahmen, Monitoringprogramme, Bewirtschaftungspläne und Maßnahmenprogramme aufzustellen und umzusetzen sind. Jede Flussgebietseinheit ist einem Teilprojekt zugeordnet, die wie folgt gegliedert sind:
- Teilprojekt Teileinzugsgebiet der Flussgebietseinheit Elbe
- Teilprojekt Flussgebietseinheit Eider
- Teilprojekt Flussgebietseinheit Schlei-Trave