Im Jahre 2000 trat die Richtlinie 2000/60/EG des Europäischen Parlamentes zur Schaffung eines Ordnungsrahmens für Maßnahmen im Bereich der Wasserpolitik (EU-WRRL) in Kraft. Losgelöst von allen politischen Grenzen und ausschließlich orientiert an den Einzugsgebieten der Gewässer ist die EU-WRRL seither Grundlage der Gewässerbewirtschaftung in allen Mitgliedsstaaten der Europäischen Gemeinschaft.
Zur Umsetzung der EU-WRRL wurden in Schleswig-Holstein in den drei Flussgebietseinheiten insgesamt 34 naturräumlich definierte Bearbeitungsgebiete geschaffen, in denen wiederrum auf lokaler Ebene in ehrenamtlichen Arbeitsgruppen die Interessen der Kommunen, der Land- und Wasserwirtschaft sowie des Naturschutzes eingebracht werden. Durch das Bündeln dieser regionalen Fachkompetenz ist ein Höchstmaß an öffentlicher Beteiligung bei der Umsetzung der WRRL in Schleswig-Holstein gewährleistet.
Das Bearbeitungsgebiet Brokstedter Au umfasst das Einzugsgebiet der Stör (Gewässer bk 06) von der Bünzaumündung bis zum Pegel Rensing nördlich der Stadt Kellinghusen und weist eine Größe von insgesamt 19.281 ha auf.
Im Rahmen seiner geschäftsführenden Tätigkeit werden in der Geschäftsstelle des Verbandes die zur Umsetzung der EU-WRRL erforderlichen Maßnahmen koordiniert. Seit 01.01.2014 ist der Bearbeitungsgebietsverband zudem mit der Aufgabe der Gewässerunterhaltung der Stör betraut.