Die Flussgebietseinheiten wiederum wurden in insgesamt 34 naturräumlich gegliederte Bearbeitungsgebiete unterteilt. Hier auf der lokalen Ebene erfolgen in der Regel die Vorbereitungen, die Entscheidungen und Umsetzungen von Maßnahmen an den Gewässern, die sich aus der Wasserrahmenrichtlinie ergeben. Dazu arbeiten unter der Federführung der Wasser- und Bodenverbände die Selbstverwaltungskörperschaften der Städte und Gemeinden, Behörden sowie die Interessenverbände und Organisationen des ehrenamtlichen Naturschutzes, der Wirtschaft, der Fischerei und der Landwirtschaft in ehrenamtlichen Arbeitsgruppen zusammen.
Damit ist in Schleswig-Holstein ein Höchstmaß an öffentlicher Beteiligung bei der Umsetzung der WRRL gewährleistet.
Den rund 500 Wasser- und Bodenverbänden in SH fällt somit eine zentrale Rolle zu. Sie haben sich zu Bearbeitungsgebietsverbänden zusammen geschlossen, die in den jeweiligen Arbeitsgruppen die Federführung wahrnehmen. Die Wasser- und Bodenverbände sind als wasserwirtschaftliche Selbstverwaltungskörperschaften für die Unterhaltung der Gewässer zuständig und repräsentieren die Eigentümer der Flächen an den Gewässern.
Durch die Bildung der Bearbeitungsgebietsverbände und ihrer Arbeitsgruppen ist eine Mitwirkung bei der Umsetzung der WRRL auf dieser Ebene ermöglicht und die Verantwortlichkeit bei der Übernahme von Aufgaben klar geregelt worden.
In der Arbeitsgruppe des Bearbeitungsgebietsverbandes sind Interessenvertreter aus kommunalen Bereichen, aus Bereichen des Naturschutzes, der Fischerei, der Wasserwirtschaft sowie Vertreter des Teilprojektes und der jeweiligen Wasserbehörden eingebunden.